Некультивируемые формы бактерий

курсовая работа

1. Что такое некультивируемые формы

Речь идет не о всех микроорганизмах, а только о прокариотах - бактериях и археях. Со времен Луи Пастера основной способ изучения бактерий - это выделение их в чистую культуру на искусственную питательную среду. Исследуемый материал распределяется по поверхности среды, присутствующие в нем отдельные микробные клетки начинают размножаться и образуют визуально различимые колонии. Вот с этими колониями и начинают работать.

Однако недавно было обнаружено, что многие другие виды бактерий также способны переходить в покоящееся состояние под действием неблагоприятных условий (голодание, пониженная или повышенная температура и т.д.). Эти формы характеризуются морфологическими изменениями, низким уровнем метаболизма, утратой способности к размножению Они не выявляются при высевах на питательные среды (поэтому были названы НЕКУЛЬТИВИРУЕМЫМИ ФОРМАМИ), однако могут быть переведены в "культивируемое" состояние при изменении условий, при попадании в организм основного или промежуточного хозяина (для болезнетворных), или с помощью специальных индукторов. Выяснилось, что именно "некультивируемые формы" ответственны за неожиданные вспышки некоторых инфекций (например - холеры, чумы), когда между эпидемиями возбудитель никуда не девается, хотя и не выявляется стандартными микробиологическими анализами.

Основная проблема при выделении бактерий - это подбор соответствующей питательной среды и условий культивирования, поскольку если среда и/или условия не подходят для данной бактерии - она просто не образует колонию и не будет учтена. Таким образом, наши представления о биоразнообразии бактерий фактически зависят от того, насколько удачно подобраны среды для их выделения и условия культивирования.

некультивируемая форма бактерия питательный

А надо заметить, что требования различных видов к питательной среде и условиям очень сильно различаются - по мере развития микробиологии это становилось все очевиднее. Например, какая-нибудь почвенная Bacillus прекрасно растет на питательных средах самого разного состава - от мясного отвара до синтетической среды с глюкозой и минеральными элементами, а некоторые паразитические или симбиотические виды требуют точно сбалансированных количеств разнообразных аминокислот, пуринов, витаминов, углеводов и т.д. А какие-нибудь водные олиготрофы вообще гибнут на богатых средах из-за субстратного ингибирования.

Тем не менее, к концу 70-х в микробиологии господствовало мнение, что о видовом разнообразии бактерий, по крайней мере в "основных" местах обитания (вода, почва, организм человека и животных, растения), известно если не все, то почти все. За 100 лет все мыслимые питательные среды подобраны, опубликованы в учебниках и методичках, все виды прилежно описаны и включены в определители. Открытие каждого нового вида было достаточно большим событием.

Правда, было показано, что методы прямого счета (с использованием микроскопа) дают общую численность бактерий в почве и в воде как минимум на 2-3 порядка (!) больше, чем обнаруживается при высеве на стандартные питательные среды. "Нестыковку" объясняли 1) недостаточным диспергированием исследуемого материала, когда группа бактериальных клеток дает на питательной среде одну общую колонию, и, таким образом, учитывается как одна клетка;

2) наличием в популяции большого числа мертвых клеток, которые под микроскопом (без спец. методов окраски) неотличимы от живых, но колоний на питательной среде, естественно, не образуют.

Однако в 1983 г произошло революционное событие - открытие полимеразной цепной реакции (ПЦР, в англоязычной литературе - PCR). Методы диагностики, использующие ПЦР, позволили обнаруживать и идентифицировать фрагменты бактериальной ДНК непосредственно в окружающей среде, даже если они присутствуют там в минорных количествах.

И очень быстро обнаружилось, что огромное количество (в некоторых случаях - до 90-99%) ДНК-последовательностей, выявляемых в окружающей среде, не может быть отнесено ни к одному из известных видов бактерий или архей. Т.е. из "плавающих" в окружающей среде последовательностей только 1-10% принадлежат известным видам, а остальные - неизвестно никому. Эти "неизвестно кто" и были названы "некультивируемыми видами" (не путать с некультивируемыми формами).

Литература, особенно англоязычная, сейчас пестрит сообщениями о некультивируемых видах (Google, например, на запрос "non-cultivated" microorganisms сходу выдал 996 документов). Их находят везде - от воды, почвы, организма человека и животных до "экзотических" мест обитания (глубоководные вулканические источники и т.д.). Причем в целом ряде случаев не удается обнаружить полных аналогов в имеющихся генетических базах данных, в связи с чем появляются формулировки типа "Обнаруженные бактерии наиболее близки к цианобактериям, однако, без существенного сходства".

Пока эти микроорганизмы не выделены в чистые культуры на искусственные питательные среды, главное, что о них можно сказать - это что они ЕСТЬ, и по крайней мере часть из них не может быть отнесена ни к одной из известных групп бактерий или архей.

Удастся ли их выделить в чистые культуры и изучить? Видимо, со временем подходящие среды и условия культивирования будут подобраны. Главное, что стало ясно, что среды и методы культивирования, использовавшиеся до сих пор, дают, мягко говоря очень неполное представление о реальных микробных сообществах, и надо продолжать подбирать новые среды/методики.

Каков процент "некультивируемых" среди общего числа прокариот? Никто не знает, оценки варьируют в основном от 90 до 99,9%.

Систематика прокариот разработана слабо. До недавнего времени "наивысшим таксоном" был род, иногда их объединяли в семейства. Все попытки выделить таксоны более высокого ранга отражали в основном не реальную эволюционную близость, а текущий уровень развития микробиологических методов и личные предпочтения авторов. Достаточно сказать, что Археи в качестве самостоятельной эволюционной ветви выделили только в конце 70-х - начале 80-х, а до этого относили к бактериям [2].

Делись добром ;)